조희연 서울시교육감이 자사고 재지정 철회와 일반고 전환 유도 등을 추진하는 데 대해 한국사립초중고등학교법인협의회와 대한사립중고등학교장회는 반대의 입장과 강력 대응 할 것을 밝혔다.
이들은 "자사고의 재지정 취소 여부는 어디까지나 원칙과 절차에 의한 객관적이고  공정한 평가가 있고 난 후 제도도입 취지에 어긋나는 사례가 있을 때 그 결과에 따라 내리면 되는 일이며 교육감이 앞서서 폐지 방침을 천명한 가운데 일방적으로 몰아붙일 일이 아니다"라고 주장했다.
이들은 28일 성명서를 내고 "자사고 재지정 취소 문제로 불거질 갈등과 혼란에 대해 전국의 자사고들과 함께 강력히 대응해 나갈 것"이라고 밝혔다.